서력 2015년. 마술이 아직까지 성립하고 있었던 최후의 시대. 인리계속보장기관 칼데아는 인간의 역사를 더 길고 강하게 존속시킨다는 사명 하에 마술로만은 볼 수 없는 세계, 과학으로는 헤아릴 수 없는 세계를 관측하여 인류의 결정적인 위기를 막기 위해 설립되었다. 어느 날, 칼데아에서 관측해온 미래가 사라지고 인류는 2017년까지 멸망할 것이라는 게 판명, 아니 증명되어버렸다. 그 원인으로 여겨진 것이 서력 2004년 일본의 지방 도시, 후유키. 이곳에 지금까지는 없었던 「관측할 수 없는 영역」이 나타난 것이다. 칼데아는 이것을 인류멸망의 원인으로 판단, 특이점의 조사 및 해명 혹은 파괴를 목적으로한 임무, "성배탐색" 그랜드 오더를 명한다.